大腸直腸癌的治療仍以手術為主，一般而言，早期息肉性大腸直腸癌可利用經大腸鏡息肉切除術加以切除，扁平型或浸潤型或非早期大腸直腸癌則以手術切除治療。接受手術切除之大腸癌，若病理檢查發現有淋巴轉移( 即所謂第三期大腸癌) 則病人應接六至十二個月的輔助化學治療。高危險直腸癌病人則在手術切除後，應接受化學及放射線合併治療。
一般而言，早期大腸直腸癌經切除後，五年存活率可達95-100%。若病灶深度已達肌肉層，則根據手術標本淋巴腺轉移之無與有（即所謂第二期與第三期大腸癌），五年存活率分別為60-70%及30-40%。有遠端轉移之大腸直腸癌，五年存活率則低於5%。